FK Mornar  osnovan je decembra 1923. godine, kao JSK Crnojević. U periodu do 1941. godine, od sezone 1924-25, klub je nekoliko sezona igrao u fudbalskom prvenstvu Crne Gore (bivša Zetska banovina).

Od 1945. godine klub je učestvovao pod nekoliko imena – Jadran, Obnova i Tempo. Prvi značajniji uspeh klub je postigao u sezoni 1950. promocijom u Crnogorsku republičku ligu.

Od 1950. do 2006. Mornar je igrao brojne sezone u Republičkoj ligi i osvojio tri titule (1989, 1995, 2001). U sezoni 1994-95, FK Mornar je napravio ‘dubl’ na republičkom nivou, osvojivši obe titule – u Crnogorskoj republičkoj ligi, i u Kupu Republike Crne Gore .